ChIP-seq是最廣泛使用的染色質圖譜檢測方法,但有很大的局限性,具體表現(xiàn)為:
1.高細胞需求量;
2.低吞吐量;
3.技術困難;
4.高成本,深度測序;
5.數(shù)據(jù)質量差,變量大
CUT&RUN和CUT&Tag檢測法正在取代ChIP-seq
簡化的工作流程跳過了ChIP-seq實驗法中的挑戰(zhàn)性步驟,包括染色質片段化和抗體pull down,用更少的細胞和測序讀數(shù)得到更佳的數(shù)據(jù)。
具體變現(xiàn)為:
1.低細胞需求量;
2.高吞吐量;
3.操作流程更簡易;
4.低成本,測序讀取次數(shù)更少;
5.數(shù)據(jù)質量可靠,重復性好
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