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綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能

2021-05-28
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新冠病毒全名嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒2(SARS-CoV-2),最初發(fā)現(xiàn)時此病毒稱為2019新型冠狀病毒(2019-nCoV),是正股單鏈的RNA病毒,可引起致命的呼吸道感染,造成肺部炎癥,又稱新冠肺炎(COVID-19)。這種新病毒屬于Betacoronavirus屬,同屬的還有SARS-CoV(與新冠病毒相似度79%)和MERS-CoV。

文長! 本文內(nèi)容分四部分:

1. 新冠病毒基因組與蛋白
2. 病毒生命周期
3. 新冠病毒與藥物開發(fā)
4. 新冠病毒研究工具


綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能  


綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能?SARS-CoV-2基因組
綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能
綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能?PP1ab多聚蛋白, ORF1ab轉(zhuǎn)譯出PP1ab多聚蛋白, 包含16個非結(jié)構(gòu)蛋白(nsp)
綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能
綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能?SARS-CoV-2主要的4個結(jié)構(gòu)蛋白:刺突蛋白(S),包膜蛋白(E),膜蛋白(M),核衣殼蛋白(N)
綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能


?表1. 新冠病毒蛋白已知功能或假設(shè)功能?

綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能

綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能

綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能



綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能

目前WHO已宣布該病進入大流行(25),可通過人與人傳播,潛伏期約為2-14天,甚至有一些報告顯示,部分無癥狀感染者可通過咳嗽和打噴嚏將呼吸道飛沫排出傳播病毒。


隨著新冠病毒大流行,研究人員和臨床醫(yī)生在努力研究有關(guān)新冠病毒的生物學、發(fā)病機制以及獲取更多如何治療臨床上更具傷害性的肺炎信息。如同其他病原體一樣,SARS-CoV-2如何進入宿主細胞及整個生命周期如何運作是科學家急欲了解的一環(huán)(圖二)。


綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能
Adapted from Science 367(6485), 1412-1413 (2020).
圖二、病毒的生命周期

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1-1.病毒通過刺突蛋白(spike protein, 簡稱S protein) 與受體ACE2結(jié)合。1-2.通過胞吞作用病毒進入到人體細胞。2. 宿主核醣體結(jié)合到病毒RNA,轉(zhuǎn)錄pp1a, pp1ab多聚蛋白。 3. nsp3 (PLpro), nsp5 (3CLpro)切割多聚蛋白產(chǎn)生nsp1~nsp16。 4. nsp12 RNA依賴RNA聚合酶(RdRp)與nsp7, nsp8等因子形成轉(zhuǎn)錄復(fù)制復(fù)合體(RTC)復(fù)制病毒RNA。 5.復(fù)制后的RNA由核衣殼蛋白包裹與結(jié)構(gòu)蛋白-膜蛋白(Membrane (M))、包膜蛋白(Envelope (E))刺突蛋白(Spike (S))進行病毒組裝。5.病毒釋出感染下一個細胞。


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綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能

目前除了開發(fā)基于刺突蛋白與ACE2結(jié)合的藥物外(圖三),Hoffmann等人在最近發(fā)表于Cell 期刊的研究中,確認石正麗團隊先前的研究發(fā)現(xiàn),血管緊張素轉(zhuǎn)換酶2(ACE2)是SARS-CoV-2的細胞受體,這點與SARS-CoV一樣(26,27)。此外,他們也確定絲氨酸蛋白酶TMPRSS2為啟動SARS-CoV-2刺突蛋白(S)活性的關(guān)鍵因素,這是病毒通過和細胞膜融合進入宿主細胞的重要步驟(圖四)。作者還證明,絲氨酸蛋白酶抑制劑camostat mesylate(在日本已經(jīng)被用于臨床治療慢性胰腺炎的藥物)能夠干擾SARS-CoV-2感染肺細胞。最后,該研究的數(shù)據(jù)顯示,針對SARS-CoV 刺突蛋白產(chǎn)生的中和抗體可能對SARS-CoV-2的感染者提供一些保護作用。此研究不僅進一步了解SARS-CoV-2進入細胞的關(guān)鍵因素,并提供SARS-CoV-2一些可能的治療途徑。


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圖三、基于刺突蛋白與ACE2的藥物開發(fā)策略
綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能
圖四、 新冠病毒刺突蛋白與受體結(jié)合
?為了進一步加速篩選對抗SARS-CoV-2的可能活性藥物,WHO的SOLIDARITY臨床試驗項目將評估四種不同類別的臨床已知藥物或藥物組合對該病毒的潛在效用(28)。這四種包括病毒聚合酶抑制劑瑞德西韋(remdesivir),抗瘧藥氯喹和羥氯喹(chloroquine and hydroxychloroquine),HIV蛋白酶抑制劑洛匹那韋和利托那韋(lopinavir and ritonavir),以及具有干擾素-β/洛匹那韋/利托那韋(lopinavir/ritonavir) 三種藥物的組合。這項研究是許多正在進行試驗的其中一項,該試驗正在審查十幾種可能的治療方法,其目的是簡化以加快數(shù)據(jù)獲取速度,并使各地的醫(yī)生都可以使用。這些試驗的重點是評估具有安全可接受的現(xiàn)有藥物(例如絲氨酸蛋白酶抑制劑camostat mesylate)是否適合用于治療SARS-CoV-2。此外,科學家也正在重新檢查先前發(fā)現(xiàn)對SARS-CoV,MERS-CoV或其他病毒具有活性的化合物,以及使用來自復(fù)原COVID-19患者的恢復(fù)期血漿和具有靶向病毒的單克隆抗體(29)?,F(xiàn)在,面對新冠病毒,國際社會團結(jié)積極作戰(zhàn)的決心被認為仍是最終成功的唯一途徑。


綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能

GeneTex每年設(shè)定2-3個主題進行產(chǎn)品開發(fā),主題式的產(chǎn)品研發(fā)使GeneTex在特定領(lǐng)域獨占鰲頭,像是病毒類抗體。GeneTex過去開發(fā)流感、登革、腸病毒等抗體,并有多篇Nature期刊的文獻引用,2016年2月寨卡病毒在南美洲爆發(fā)時,GeneTex也于當年6月推出寨卡病毒相關(guān)抗體,幫助許多學者研究寨卡病毒與腦神經(jīng)的關(guān)系。2019年新冠肺炎(COVID-19), 病毒通過與ACE2受體結(jié)合,TMPRSS2 活化刺突蛋白進而感染細胞,引發(fā)炎癥,甚至產(chǎn)生細胞因子風暴(cytokine storm)造成肺部嚴重損傷;另一方面, 近日的研究也發(fā)現(xiàn)部分案例出現(xiàn)嗅覺及味覺喪失,更有一例引發(fā)腦膜炎等神經(jīng)變異,讓科學家相當訝異。GeneTex除研發(fā)新冠抗體外,也提供上下游相關(guān)抗體,包含信號傳導、炎癥反應(yīng)及神經(jīng)疾病等領(lǐng)域,提供全方位的研究抗體,以積極正面的態(tài)度迎戰(zhàn)新冠肺炎,協(xié)助科研進一步解密新冠病毒相關(guān)機制及開發(fā)檢測新冠病毒的方法,以期有效控制新冠疫情,做科研最好的后盾。

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表2. 檢測試劑與ELISA試劑盒開發(fā)

綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能貨號品名
GTX632269

SARS-CoV / SARS-CoV-2 (COVID-19) nucleocapsid antibody [6H3]

GTX135357

SARS-CoV-2 (COVID-19) nucleocapsid antibody

GTX135357-pro

SARS-CoV-2 (COVID-19) nucleocapsid protein

?

綜述!新冠病毒生命周期與蛋白潛在功能貨號品名
GTX135386

SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S2 / S2' antibody

GTX632604

SARS-CoV / SARS-CoV-2 (COVID-19) spike antibody [1A9]

?

表3. 新型冠狀病毒研究相關(guān)抗體


產(chǎn)品編號 產(chǎn)品名稱 克隆 應(yīng)用
GTX632604 SARS-CoV / SARS-CoV-2 (COVID-19) spike antibody [1A9] Ms mAb WB, ICC/IF, FACS, IP, ELISA, sELISA
GTX01555 SARS-CoV / SARS-CoV-2 (COVID-19) spike antibody [CR3022] Hu mAb ELISA, Neutralizing/Blocking
GTX135360 SARS-CoV-2 (COVID-19) spike antibody Rb pAb WB, ICC/IF, ELISA
GTX135356 SARS-CoV-2 (COVID-19) spike antibody Rb pAb WB, ICC/IF, ELISA
GTX135384 SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S1 antibody Rb pAb WB, ICC/IF
GTX135385 SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike RBD antibody Rb pAb WB, ICC/IF
GTX135386 SARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S2 / S2' antibody Rb pAb ICC/IF, ELISA
GTX101395 ACE2 antibody [N1N2], N-term Rb pAb WB, IHC-P, FACS
GTX01160 ACE2 antibody [SN0754] Rb mAb WB, ICC/IF, IHC-P
GTX100743 TMPRSS2 antibody [N2C3] Rb pAb WB
GTX632269 SARS-CoV / SARS-CoV-2 (COVID-19) nucleocapsid antibody [6H3] Ms mAb WB, ICC/IF, IP, ELISA, sELISA
GTX135357 SARS-CoV-2 (COVID-19) nucleocapsid antibody Rb pAb WB, ICC/IF, ELISA, sELISA
GTX135361 SARS-CoV-2 (COVID-19) nucleocapsid antibody Rb pAb WB, ICC/IF, ELISA
GTX632696 SARS-CoV / SARS-CoV-2 (COVID-19) NSP8 antibody [5A10] Ms mAb WB
GTX632602 SARS-CoV / SARS-CoV-2 (COVID-19) ORF7a antibody [3C9] Ms mAb WB, ICC/IF

??

表4. 新型冠狀病毒研究重組蛋白質(zhì)與肽?

產(chǎn)品編號產(chǎn)品名稱表達系統(tǒng)
GTX01546-proSARS-CoV-2 (COVID-19) Spike RBD protein, His tag (active)HEK293
GTX01548-proSARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S1 protein, His and Avi tag (active)HEK293
GTX01554-proSARS-CoV-2 (COVID-19) Spike S1 protein, His tag (active)HEK293
GTX01550-proHuman ACE2 protein, His and Avi tagHEK293
GTX15352ACE2 peptide (788-805)n/a
GTX15353ACE2 peptide (2-18)n/a
GTX15351ACE2 peptide (192-208)n/a
GTX15354ACE2 peptide (169-183)n/a
GTX135357-proSARS-CoV-2 (COVID-19) nucleocapsid proteinE. coli.
GTX135592-proSARS-CoV-2 (COVID-19) nucleocapsid proteinHEK293
GTX01547-proSARS-CoV-2 (COVID-19) Envelope protein, His and Avi tagE. coli.
GTX01557-proSARS-CoV-2 (COVID-19) 3C-like Proteinase protein, His and Avi tagE. coli.

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Reference

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28.?Science 367(6485), 1412-1413 (2020).

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