EpiCypher CUTANA? CUT&Tag?Kit升級(jí)版（Version 2）來了！升級(jí)版各方面表現(xiàn)都優(yōu)于V1版本，

助您持續(xù)生成高質(zhì)量的CUT&Tag數(shù)據(jù)。新品推廣期間凡訂購(gòu)EpiCypher CUTANA? CUT&Tag?Kit，可享額外20%折扣優(yōu)惠！

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促銷時(shí)間：即日起-2024.9.25

促銷代碼：CTK20

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【?促銷產(chǎn)品清單?】

【?六個(gè)常見問題帶您了解CUT&Tag新變革?】

從單細(xì)胞圖譜分析、空間表觀基因組學(xué)到 FFPE 樣本分析，CUT&Tag正在成為研究熱點(diǎn)1-7。 CUT&Tag也是EpiCypher的研發(fā)重點(diǎn)。多年來，EpiCypher的團(tuán)隊(duì)開發(fā)并優(yōu)化了多種表觀基因組圖譜檢測(cè)方法，包括CUT&Tag、CUT&RUN和ChIP-seq。EpiCypher團(tuán)隊(duì)充分利用專業(yè)知識(shí)研發(fā)的CUTANA? CUT&Tag試劑盒，使這項(xiàng)令人難以置信的技術(shù)能夠走進(jìn)全球更多的研究領(lǐng)域和實(shí)驗(yàn)室。CUTANA? CUT&Tag 試劑盒第2版現(xiàn)已上市，而且各方面都優(yōu)于之前的版本。

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從表面上看，CUT&Tag非常簡(jiǎn)單8,9。Protein A/G的融合體在抗體標(biāo)記的染色質(zhì)上栓了一種過度活躍的Tn5轉(zhuǎn)座酶。激活的Tn5插入接頭序列并切割DNA，這一過程被稱為標(biāo)簽化。在EpiCypher的Direct-to-PCR方法中，使用識(shí)別接頭序列的引物從反應(yīng)混合物中直接擴(kuò)增標(biāo)記DNA，繞過文庫(kù)制備，提高對(duì)低細(xì)胞數(shù)的敏感性。整個(gè)測(cè)定過程使用的是與磁珠結(jié)合的完整細(xì)胞核，并對(duì)在使用8聯(lián)排管時(shí)的方法進(jìn)行了優(yōu)化，從而實(shí)現(xiàn)高通量工作流程和自動(dòng)化解決方案。

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為了簡(jiǎn)化實(shí)驗(yàn)過程，EpiCypher團(tuán)隊(duì)開發(fā)了CUTANA? CUT&Tag試劑盒，其中包括從細(xì)胞到純化的測(cè)序文庫(kù)所需的所有試劑。請(qǐng)注意，CUT&Tag僅推薦用于組蛋白翻譯后修飾（PTMs）的定位。 欲進(jìn)一步了解如何使用CUT&Tag與其姊妹技術(shù)CUT&RUN，請(qǐng)您參閱這篇文章：http://www.yuebanme.com/xwzx_2376.html。

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盡管已取得了一些進(jìn)展，但CUT&Tag仍然是一項(xiàng)具有挑戰(zhàn)性的表觀基因組檢測(cè)技術(shù)。為了使其方法更加可靠，EpiCypher研發(fā)團(tuán)隊(duì)不斷測(cè)試CUTANA? CUT&Tag實(shí)驗(yàn)方案，研究不同的緩沖液成分，調(diào)整反應(yīng)條件，并測(cè)試了多種細(xì)胞類型。CUTANA? CUT&Tag試劑盒的第二版展現(xiàn)了EpiCypher最新的優(yōu)化成果。

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??為什么科研學(xué)者會(huì)對(duì)CUT&Tag感興趣？

科研人員之所以對(duì)CUT&Tag非常感興趣，是因?yàn)樗梢宰尶茖W(xué)家在不降低數(shù)據(jù)質(zhì)量的情況下簡(jiǎn)化實(shí)驗(yàn)流程，這是ChIP不可能做到的。自從CUT&Tag出現(xiàn)以來，研發(fā)人員終于能夠開發(fā)出更高通量的染色質(zhì)圖譜分析。與ChIP-seq相比，CUT&Tag可以使用更少的細(xì)胞，花費(fèi)更少的時(shí)間，對(duì)更多的反應(yīng)進(jìn)行多重測(cè)序，并生成更高分辨率的數(shù)據(jù)。

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??為什么CUT&Tag比ChIP-seq和CUT&RUN快得多呢？

由于各種原因，CUT&Tag比其他染色質(zhì)圖譜分析技術(shù)更快。從樣本處理的角度看，CUT&Tag無需再多花時(shí)間優(yōu)化細(xì)胞裂解、交聯(lián)或染色質(zhì)碎裂。CUT&Tag使用完整的細(xì)胞核，可在15分鐘內(nèi)從新鮮或冷凍的細(xì)胞中獲取。然后將細(xì)胞核與固體支撐物（ConA磁珠）結(jié)合，這樣就能限制樣品的損失，并可使用磁力架快速清洗。這一特點(diǎn)使該方法與8聯(lián)排管兼容，進(jìn)一步加快了實(shí)驗(yàn)速度。

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從實(shí)驗(yàn)方法的角度看，直接插入測(cè)序接頭無需進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)的文庫(kù)準(zhǔn)備步驟，不僅節(jié)省了一天的工作時(shí)間，而且減少了樣品損失。大多數(shù)CUT&Tag實(shí)驗(yàn)流程中需要純化DNA，然后進(jìn)行 PCR，而EpiCypher的Direct-to-PCR策略允許實(shí)驗(yàn)人員直接從CUT&Tag反應(yīng)中擴(kuò)增標(biāo)記的DNA。因?yàn)樗械膶?shí)驗(yàn)過程都是在8聯(lián)排管中進(jìn)行的，所以實(shí)驗(yàn)人員可以將接頭引物和PCR混合物直接加入到CUT&Tag反應(yīng)管中。對(duì)于時(shí)間緊張的項(xiàng)目，實(shí)驗(yàn)人員可以在CUT&Tag第2天結(jié)束時(shí)加載測(cè)序儀，第3天就可以開始處理數(shù)據(jù)。對(duì)于科研人員來講，這樣的周轉(zhuǎn)時(shí)間非常寶貴。

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??與ChIP-seq相比，為什么在CUT&Tag中可以使用更少的細(xì)胞呢?

因?yàn)楹?jiǎn)化了實(shí)驗(yàn)流程，降低了背景信號(hào)影響，所以CUT&Tag需要的起始細(xì)胞數(shù)量較少。在 ChIP-seq中，需要交聯(lián)和染色質(zhì)超聲處理或片段化來制備input的染色質(zhì)。在免疫沉淀（IP）步驟中，抗體被添加到染色質(zhì)片段化池中。理想情況下，抗體只與靶標(biāo)結(jié)合，但免疫沉淀幾乎總是能回收非靶標(biāo)片段，并在測(cè)序數(shù)據(jù)中引入背景信號(hào)或測(cè)序假象。科學(xué)家通常會(huì)增加細(xì)胞數(shù)量以克服背景信號(hào)影響并提高數(shù)據(jù)質(zhì)量，但這種解決方法會(huì)限制低數(shù)量細(xì)胞的應(yīng)用。

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CUT&Tag使用與磁珠結(jié)合的完整細(xì)胞核，不需要按照傳統(tǒng)的IP步驟進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，從而減少了背景信號(hào)影響。EpiCypher的方法還繞過了ChIP和標(biāo)準(zhǔn)文庫(kù)制備中的多個(gè)DNA純化步驟，有助于減少樣本的損失?？傊cChIP-seq相比，CUT&Tag可以減少約10倍的材料，這是非常不可思議的。

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??科研學(xué)者在使用CUT&Tag實(shí)驗(yàn)操作流程時(shí)最常見的問題是什么呢?

研究者進(jìn)行CUT&Tag實(shí)驗(yàn)時(shí)遇到的主要問題是產(chǎn)量低甚至沒有產(chǎn)量，這可能是由多種變量影響的。產(chǎn)率低通常是由樣品預(yù)處理不佳、實(shí)驗(yàn)過程中樣品損失、ConA磁珠結(jié)合不上以及反應(yīng)混合問題造成的。這些問題都有關(guān)聯(lián)，因此解決起來比較復(fù)雜。

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樣品制備不良的表現(xiàn)是細(xì)胞裂解、細(xì)胞核制備中有碎片或ConA磁珠結(jié)合后上清液中存在未結(jié)合的細(xì)胞核。如果樣本預(yù)處理出現(xiàn)上述情況，就可能無法進(jìn)行標(biāo)簽化，進(jìn)而導(dǎo)致產(chǎn)量低。

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混合不充分也是產(chǎn)量低的一個(gè)常見原因。保持磁珠在溶液中對(duì)檢測(cè)的成功至關(guān)重要：它有助于確保抗體和pAG-Tn5的均勻分布，并有助于高效的indexing PCR。然而，在實(shí)驗(yàn)方案中的第2天，ConA 磁珠漿會(huì)變得粘稠且難以重懸，尤其是在標(biāo)記之后。雖然在處理材料時(shí)應(yīng)當(dāng)溫和，但如果不能很好的混合CUT&Tag反應(yīng)物，就會(huì)嚴(yán)重降低產(chǎn)量。 EpiCypher實(shí)驗(yàn)方案詳細(xì)說明了何時(shí)以及如何混合樣品，以便最終穩(wěn)定地回收CUT&Tag生成的文庫(kù)。

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??新版CUT&Tag試劑盒有什么亮點(diǎn)呢?

版本更新的重點(diǎn)是幫助使用者持續(xù)生成高質(zhì)量的CUT&Tag數(shù)據(jù)。EpiCypher的團(tuán)隊(duì)詳細(xì)討論了實(shí)驗(yàn)流程的每個(gè)步驟。比如，為什么緩沖液要使用某種成分或pH值？對(duì)細(xì)胞核或細(xì)胞生理有何影響？這些問題幫助EpiCypher團(tuán)隊(duì)找到了可以改進(jìn)的關(guān)鍵點(diǎn)。

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pAG-Tn5的表征表明，酶本身并不是影響產(chǎn)量問題所在，且標(biāo)記反應(yīng)是高效的，但樣品在標(biāo)記后的實(shí)驗(yàn)步驟中損失了。為此，EpiCypher團(tuán)隊(duì)對(duì)樣品處理、緩沖液成分、方案步驟進(jìn)行了廣泛的頭對(duì)頭比較研究，并對(duì)優(yōu)秀的競(jìng)爭(zhēng)產(chǎn)品進(jìn)行了測(cè)試。

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這些實(shí)驗(yàn)揭開了問題的神秘面紗。TAPS Buffer中的低鹽濃度導(dǎo)致了滲透性變化和細(xì)胞核裂解。混合技術(shù)也尤為重要，它是造成樣品損失的原因之一。例如，加入SDS Release Buffer后，樣品變得粘稠，無法移液。在實(shí)驗(yàn)方案的其他部分，由于渦旋使材料粘在離心管邊上，也會(huì)導(dǎo)致樣品損失。

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根據(jù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果，EpiCypher團(tuán)隊(duì)去掉了標(biāo)記后的低鹽 TAPS Buffer洗滌，取而代之的是含有生理鹽的Pre-Wash Buffer，以保持細(xì)胞核的完整性。EpiCypher團(tuán)隊(duì)還完善了實(shí)驗(yàn)流程中具體的重懸浮和混合方法，以幫助指導(dǎo)使用者進(jìn)行最佳操作。EpiCypher內(nèi)部測(cè)試了修改后的CUT&Tag實(shí)驗(yàn)方案，結(jié)果發(fā)現(xiàn)新手和有經(jīng)驗(yàn)的使用者的實(shí)驗(yàn)成功率都有所提高，這說明了CUT&Tag改進(jìn)后的實(shí)用性。

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??這些實(shí)驗(yàn)操作流程的變化適用于正在使用第1版CUTANA? CUT&Tag Kit或DIY CUT&Tag的科研人員嗎?

是的。所有實(shí)驗(yàn)流程的更改都與CUTANATM CUT&Tag Kit的第1版以及 DIY CUT&Tag流程（https://www.epicypher.com/resources/protocols/cutana-pag-tn5-resources/）兼容。

您可以使用現(xiàn)有的試劑盒組分來按照第2版的實(shí)驗(yàn)流程操作，而不需要任何新材料！

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需要注意的主要區(qū)別是試劑盒中去掉了TAPS Wash Buffer。之前使用TAPS Wash Buffer進(jìn)行標(biāo)記后洗滌，現(xiàn)在使用等體積的Pre-Wash Buffer洗滌。EpiCypher在該試劑盒中為使用者提供了充足的Pre-Wash Buffer來完成這一步驟。

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【?總 結(jié)?】

CUTANA? CUT&Tag Kit版本的更新反映了EpiCypher嚴(yán)格的研發(fā)工作。EpiCypher團(tuán)隊(duì)將繼續(xù)完善CUT&Tag和CUT&RUN的相關(guān)研究，包括針對(duì)新應(yīng)用和研究領(lǐng)域的優(yōu)化。如果您有其他疑問，第2版的實(shí)驗(yàn)操作流程（https://www.epicypher.com/resources/protocols/cutana-cut-and-tag-kit-manual/）也許能解決您的問題，也歡迎聯(lián)系EpiCypher中國(guó)代理商欣博盛生物咨詢。

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【?參考文獻(xiàn)?】

1.?Janssens DH et al. Scalable single-cell profiling of chromatin modifications with sciCUT&Tag. Nat Protoc 19, 83-112 (2024).?https://doi.org/10.1038/s41596-023-00905-9.

2.?Bartosovic M et al. Single-cell CUT&Tag profiles histone modifications and transcription factors in complex tissues. Nat Biotechnol 39, 825-35 (2021).?https://doi.org/10.1038/s41587-021-00869-9.

3.?Wu SJ et al. Single-cell CUT&Tag analysis of chromatin modifications in differentiation and tumor progression. Nat Biotechnol 39, 819-24 (2021).?https://www.doi.org/10.1038/s41587-021-00865-z.

4.?Deng Y et al. Spatial-CUT&Tag: Spatially resolved chromatin modification profiling at the cellular level. Science 375, 681-6 (2022).?https://doi.org/10.1126/science.abg7216.

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6.?Henikoff S et al. Direct measurement of RNA Polymerase II hypertranscription in cancer FFPE samples. bioRxiv 2024.02.28.582647 (2024).?https://doi.org/10.1101/2024.02.28.582647.

7.?Henikoff S et al. Epigenomic analysis of formalin-fixed paraffin-embedded samples by CUT&Tag. Nat Commun 14, 5930 (2023).?https://doi.org/10.1038/s41467-023-41666-z.

8.?Kaya-Okur HS et al. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nat Commun 10, 1930 (2019).?https://doi.org/10.1038/s41467-019-09982-5.

9.?Kaya-Okur HS et al. Efficient low-cost chromatin profiling with CUT&Tag. Nat Protoc 15, 3264-83 (2020).?https://doi.org/10.1038/s41596-020-0373-x.

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