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蛋白質(zhì)印跡(Western Blot)保姆級(jí)教程 Part 2:解決WB的疑難雜癥

2024-08-06
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?背景有黑點(diǎn),怎么辦??詳情信息

1、封閉液未溶完全
解決:
A.確認(rèn)BSA/牛奶有完全溶解,建議增加溶解時(shí)間或溶解后取上清液使用。
B.利用0.45um濾紙過(guò)濾溶液,也可使用商品化試劑,如GTX30964(Trident Universal Protein Blocking Reagent,適用于WB、IHC、ICC/IF、ELISA)。

C.改變緩沖液,如換為BSA。


2、溶液污染
解決:

使用現(xiàn)配的溶液(Running/transfer/blocking/wash buffers)或商業(yè)化溶液減少因長(zhǎng)菌長(zhǎng)霉造成的黑點(diǎn)。


3、封閉液及抗體交互作用

解決:
一般脫脂牛奶中含有casein這種磷酸蛋白,可能會(huì)與磷酸化抗體產(chǎn)生非特異性結(jié)合。因此,如使用磷酸化抗體,建議用BSA作為封閉溶液,同時(shí)洗脫溶液也用TBST,如此可降低黑點(diǎn)高背景的情況。


?過(guò)曝,怎么辦??詳情信息
1、蛋白樣品過(guò)量
解決:

降低蛋白上樣量,通常蛋白上樣量為30-50ug,但有些蛋白表達(dá)量較高(如β-actin),此時(shí)可依蛋白表達(dá)量,進(jìn)行微調(diào)。


2、抗體過(guò)量
解決:
A.增加抗體稀釋倍數(shù)。
B.減少孵育時(shí)間,一般孵育時(shí)間為37℃,1小時(shí)。

C.于4℃過(guò)夜孵育,減少抗體非特異性結(jié)合。


3、訊號(hào)過(guò)曝
解決:
A.縮短曝光時(shí)間。
B.使用低靈敏的ECL。


?拖帶,怎么辦??詳情信息
1、樣品不純,有雜質(zhì)污染
解決:
A.重新離心樣品,取上清液使用。
B.使用較純的試劑配制細(xì)胞裂解液或購(gòu)買商業(yè)化產(chǎn)品。
C.使用Benzonase?核酸酶,Benzonase?核酸酶能迅速水解核酸,降低蛋白樣品粘度,減少核酸對(duì)跑膠的干擾。

D.全細(xì)胞或亞細(xì)胞萃取,使用商業(yè)化全細(xì)胞或亞細(xì)胞萃取試劑盒提取蛋白樣品,減少配制試劑溶液以及操作中分離不干凈的問(wèn)題。


2、蛋白樣品過(guò)量
解決:
A.降低蛋白上樣量,通常蛋白上樣量為30-50ug,但有些蛋白表達(dá)量較高(如beta actin),此時(shí)可依蛋白表達(dá)量,進(jìn)行微調(diào)。

B.蛋白變性不完全,也會(huì)使條帶成團(tuán)拖曳;此時(shí),可通過(guò)延長(zhǎng)樣品加熱時(shí)間(一般約5分鐘)及調(diào)整SDS(一般是2 %)比例,使蛋白變性更完全。


3、訊號(hào)過(guò)曝
解決:
A.縮短曝光時(shí)間。
B.使用低靈敏的ECL。


?條帶扭曲,怎么辦??詳情信息
1、膠沒(méi)配好
解決:
A.確保APS&TEMED正常,并新鮮配制膠體。

B.空的泳道加Sample Buffer


2、電流電壓?jiǎn)栴}
解決:

避免膠體過(guò)熱。電壓過(guò)高也會(huì)出現(xiàn)微笑、歪斜條帶等條帶,建議上層濃縮膠使用80V;下層分離膠使用100-120V。另外也需檢查電泳槽是否有銹蝕造成電流不穩(wěn)。過(guò)熱時(shí)可改為在冷室或者冰浴中進(jìn)行電泳。


3、轉(zhuǎn)膜問(wèn)題
解決:
小心滾壓膠體并確保與膜貼合,有時(shí)出現(xiàn)?2個(gè)條帶是因?yàn)檗D(zhuǎn)膜時(shí)不小心移動(dòng)到膜產(chǎn)生疊影。


?高背景,怎么辦??詳情信息
1、封閉問(wèn)題
解決:
A.確認(rèn)封閉完全。封閉作用不足,這是其中一種可能的原因,提高封閉物濃度可確保封閉液完全覆蓋轉(zhuǎn)印膜,如使用5%?脫脂奶粉或BSA。
B.封閉液不與抗體反應(yīng)。這種情況較常發(fā)生在磷酸化抗體的使用過(guò)程中,由于牛奶含有casein這種磷酸蛋白,因此如果使用牛奶當(dāng)封閉液,封閉液與磷酸化抗體可能會(huì)產(chǎn)生非特異性的結(jié)合。這個(gè)情況下,建議使用BSA作為封閉液,同時(shí)搭配使用TBST的洗脫液來(lái)幫助降低高背景值的狀況。

C.封閉時(shí)間增加,一般情況會(huì)使用室溫37度封閉1小時(shí),可視情況調(diào)整封閉的條件。


2、膜的問(wèn)題
解決:
A.選擇合適的膜(可參考詳情信息)
B.膜干掉,建議整個(gè)實(shí)驗(yàn)過(guò)程都須注意讓膜保持濕潤(rùn),特別是PVDF膜。

C.膜沒(méi)有完全均勻濕透,PVDF膜較會(huì)出現(xiàn)這個(gè)狀況,使用PVDF膜前,需用100% methanol完全浸潤(rùn)膜。


3、抗體問(wèn)題
解決:
A.降低抗體濃度
B.以陽(yáng)性對(duì)照確認(rèn)二抗

C.足夠的洗脫時(shí)間和次數(shù)


4、呈色問(wèn)題
解決:
ECL呈色問(wèn)題造成高背景值的原因,可能是因?yàn)榛瘜W(xué)顯色底物過(guò)多;建議按說(shuō)明書加入適量的顯色底物。


?非特異性條帶,怎么辦??詳情信息
1、蛋白降解
解決:
A.加蛋白酶抑制劑或磷酸酶抑制劑,避免蛋白降解。
B.冰上操作。

C.避免反復(fù)凍融樣品(建議分裝);建議使用新鮮制備的樣品。


2、蛋白形成多聚體

解決:
A.使用現(xiàn)配的DTT/2-ME并將加熱時(shí)間延長(zhǎng),幫助打斷多聚體的雙硫鍵。

B.樣本煮沸溫度達(dá)到95℃-100℃。


3、確認(rèn)蛋白特性
解決:

查詢生物信息是否有后修飾、剪切體等。


4、抗體濃度過(guò)高/蛋白樣品過(guò)量
解決:
A.增加抗體稀釋倍數(shù),也可調(diào)整孵育時(shí)間,并在4℃孵育。

B.減少上樣量。


5、抗體非特異性結(jié)合
解決:
A.增加洗膜次數(shù)與時(shí)間或在洗滌液里改用不同強(qiáng)度的detergent或是增加濃度。

B.設(shè)對(duì)照組來(lái)確認(rèn)抗體非專一性結(jié)合可能的原因,例如:是否有目標(biāo)蛋白表達(dá)。


6、抗體檢測(cè)到heavy/light chain的信號(hào)
解決:
這種情況通常發(fā)生在IP實(shí)驗(yàn)里,GeneTex有一系列可避免辨認(rèn)heavy/light chain的特制二抗,其設(shè)計(jì)原理是用來(lái)辨認(rèn)native的一抗結(jié)構(gòu)。(可參考詳情信息)



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